La investigacion académica y científica ha formado parte de la UEP desde sus inicios. La mayoria de los docentes, sobre todo de la Facultad de Teología, habían hecho sus estudios de postgrado en el exterior, escribiendo tesis de Maestría y Doctorado relevantes para la realidad social paraguaya. Cursos introductorios de redaccion científica y capacitación en métodos de investigación en el campo de la teología y de las humanidades ya formaban parte de las instituciones que antecedieron a la Universidad, como el Instituto Bíblico Asunción, la carrera de Psicopedagogía del Colegio Internacional, la Escuela de Enfermería del Centro Médico Bautista y del Instituto de Formacion Docente de Filadelfia.